L’histoire de l’occupation du territoire de Saignon débute au Paléolithique moyen (-200 000 ans, -35 000 ans). De nombreux abris naturels ont favorisé l’occupation de ce territoire. Au Néolithique se développent une dizaine de stations de plein air.

Dès l’antiquité le rocher de Saignon, d’une hauteur d’une trentaine de mètres, situé sur un promontoire, fut utilisé en tant qu’observatoire et a dû servir à l’émission de signaux. De cet emploi comme signal : Signum a découlé le nom de Sagnio, étymologie la plus probable du nom actuel.

Quelques inscriptions gallo-grecques, retrouvées en plusieurs endroits semblent indiquer la présence de Celto-Ligures. Une inscription sur une pierre de mur de l’église Sainte-Marie semble l’attester.

On a également identifié des nécropoles (récemment près de la mairie), quelques autels, ce qui semble indiquer un important culte païen.

Dès la 1^re moitié du X^e siècle SAIGNON apparaît dans les chartes du cartulaire de l’église d’Apt.

En 976, on n’emploie plus pour Saignon le terme de villa mais celui de castellum ou castello (château), puis au XI^e siècle le mot de castrum (rempart).

Une concentration à Saignon de châteaux aux formes castrales différentes sur un espace aussi réduit à l’intérieur - semble-t-il - d’une même enceinte est un cas rare sinon exceptionnel.

D’où les armoiries de la commune de Saignon :

« De gueules » à trois châteaux d’or à deux tours et un donjon ouverts et portillés de sable, posés sur trois rochers de sable aux failles d’argent, l’écu soutenu par deux branches de chênes posées en sautoir et timbré d’une couronne d’or à trois tours.

Le premier document sur l’abbaye St-Eusèbe date de 1004 (acte de fondation ou de restauration). L’abbaye Saint-Eusèbe est fondée par Saint-Martian (VIII^e siècle). Le Pape Urbain II consacre le 5 août 1096 l’église nouvellement reconstruite. Cette abbaye est vendue à la Révolution française et appartient à des propriétaires privés.

L’église romane Notre-Dame ou Ste-Marie de Saignon, établie hors les murs, est déjà mentionnée en 1155 et 1158 par les papes Pascal II et Adrien IX. Elle a été plusieurs fois modifiée. Elle fut un lieu de pèlerinage au Moyen Âge. Elle contient un reliquaire de la Sainte Croix. Récemment, le 5 mai 2001, deux documents relatifs à la vraie Croix ont été remis à la sacristie Ste-Anne d’Apt (l’un est daté de 1780, l’autre de 1878).

Si d’importants remparts subsistent (côté nord), il est toutefois difficile d’en connaître exactement le périmètre et d’apprécier correctement l’évolution de ce village au cours du Moyen Âge. Le maximum démographique se situe dans la 2^e moitié du XVIII^e siècle : 1275 habitants en 1765. A partir du milieu du XIX^e siècle jusqu’au milieu de XX^e siècle les chiffres de la population décroissent pour remonter à 1045 au dernier recensement de 1999.